Если мотор на гарантии, то самостоятельно вскрывать помпу нельзя. Сервисмены сразу определяют, вскрывалась помпа или нет. Если увидят , что вскрывалась - 100% отказ от гарантийных обязательств, не докажите ничего. Думаю, что со стаканом всё в порядке, если не перегревал, то с ним ничего произойти не могло. То, что при установке перевернули лепестки крыльчатки - очень редкий случай на новых моторах, я лично с этим не встречался никогда..... Скорее всего забита входная трубка и для этого не обязательно ползать по илу, достаточно, чтобы в входную магистраль попали водоросли или ещё какая дрянь. Прежде , чем отправляться с мотором на сервис, попробуйте продуть сжатым воздухом (не меньше 10 атм) , как правило этого достаточно, чтобы убрать всю дрянь из системы. И ещё, одной из причин, вызывающие такой косяк, может быть неисправность термостата. Он, кстати стоит под блоком и струя воды показывает, что вода попала в помпу, больше ничего эта струя не показывает, а вот что происходит дальше, когда он открывается и вода из него начинает попадать (или не попадать) в блок цилиндров, это вопрос. Как правило показатель корректной работы термостата служит температура выходной струи. Она должна нагреваться ПЛАВНО!!!. Если это не так - причина в термостате..